Seit dem Entscheid der Regierung im April 2003 des Kant. Schulqualitätskonzept einzuführen, ist in Trogen einiges zum Thema erarbeitet worden.
Es galt, sich zuerst mit dem Kantonalen Konzept auseinander zu setzen. Das Konzept basiert auf den drei Säulen
Im schulinternen Qualitätsmanagement (SCHIQ) geht es um Qualitätsentwicklung und Evaluation in der eigenen Schule, welche durch die Schulleitung - zusammen mit den Lehrpersonen festgelegt und durchgeführt wird. Dies geschieht im Qualitätszyklus mit sechs Schritten.

Bisher wurden folgende Schulprogramme bearbeitet: